医学信息学系成立了生物医学工程学科，这是一门由生物学、自然科学与工程学、医学等多专业结合的典型的交叉性学科，是多种工程学科向生物医学渗透的产物。医学信息学系科研以生物医学工程学科为依托，从事‘生物信息学’研究，并开设了硕士、博士研究生教育。医学信息学系研究领域为复杂疾病的生物信息学与计算系统生物学，科研方向：“复杂疾病的生物网络与通路的模型构建及分析方法研究”。近5年，医学信息学系主持各类科研课题20余项（获批科研经费总额300余万元），其中包含国家自学科学基金面上项目1项、国家自学科学基金青年项目3项、黑龙江省自然科学基金杰出青年项目1项。近5年在国际期刊发表SCI一作或通讯作者论文近30篇,累计影响影子超过180，其中10篇文章单篇影响因子超过10分。