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金风醒秋、穰穰满家彤

发布时间:2022-05-23 16:38:32  作者:本站编辑  来源:本站原创  浏览次数:

   长链非编码RNA(LncRNA)起初被认为是基因组转录的“垃圾”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能。

然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记以及染色质修饰,转录激活,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。

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LncRNA在多个层面上参与细胞分化和个体发育调控, 并与复杂疾病密切相关。近年来关于lncRNA的研究进展迅猛,但是绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。

基于此,张建小组研三学生陈佳新从生物信息学的角度出发开发了一个全面的人类lncRNA集合数据库LncSEA:A comprehensive human lncRNA sets resource and enrichment analysis platform,目的是为lncRNA研究人员提供数据支撑和实验指导。

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LncSEA

(http://bio.liclab.net/LncSEA/index.php)


LncSEA不仅从已经公开发表的数据资源中收集了下游lncRNA功能集合,还通过处理大量的高通量测序数据(CHIP-seqATAC-seq)预测了上游lncRNA转录调控相关集合。为了方便用户使用和查询,我们对LncSEA中所有背景参考集合按照生物学功能分成18个不同类别,例如药物,疾病,转录因子,保守性,癌症表型等类别。

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用户可以在LncSEA中输入一批感兴趣的lncRNALncSEA将会返回和用户输入集合显著富集的所有类别集合和可视化图片。LncSEA的所有参考集合的信息和分析结果都提供下载。

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感言

   自语

 

 

"感谢我的导师李春权教授对我课题的细心指导和学习生活上的关怀。整个课题最让我记忆深刻的阶段是改稿的那段日子。

那时候是七月末,因为新冠疫情我们都在家里办公。由于改稿时间的紧迫和线上交流的局限性,我们小组组长张建老师召集了所有小组成员和白雪峰,李学沧老师小组的有经验人员全力帮助我改稿。

当时我的导师李春权教授在北京出差,他白天开会晚上熬夜帮我改论文。记得改稿的那几天我都是在凌晨两三点钟收到他帮我修改后的文件。有了大家的帮助和鼓励我的恐慌和紧张瞬间缓和许多,果然团队的力量是伟大的,经过我们的努力有了令人满意的结果。

由于LncSEA和其他数据库的结构有些不同,所以在网站开发上遇到了不少技术上的困难。高宇老师,2017级本科生俸铭鸿,2018级本科生王晓鹏,2018级本科生张国锐在网站开发上付出了很多,他们克服重重困难开发了LncSEA网站平台。在此感谢LncSEA的所有作者的帮助和课题组的支持!"

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生物信息

  未来可期

 

 

自哈医大大庆校区生物信息课题组成立以来,累计发表学术论文50余篇,俯拾仰取。培育桃李遍地开花,去往国内各知名高校、研究所。在疫情严峻的2020年,却也上演一出帽子戏法,连刊三篇《Nucleic acids research》论文。曾几何时,筚路蓝缕步步维艰,今日视之,御金风揽秋华,稇载而归。

鱼跃此时海,花开彼岸天。生物信息,未来可期!


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